W lecie 1959 roku jedna z amerykańskich stacji telewizyjnych wyemitowała pięcioodcinkowy film propagandowy prezentujący NOI jako ruch rasistowski i głoszący czarną supremację. Film wstrząsnął białymi Amerykanami i wzbudził zainteresowanie Afroamerykanów, co przyczyniło się do trzykrotnego wzrostu liczby członków sekty. W tym czasie organ prasowy NOI „Muhammad Speaks” osiągnął sprzedaż pół miliona egzemplarzy i stał się najbardziej poczytną afroamerykańską gazetą w historii USA.
W kwietniu 1962 roku Stanami Zjednoczonymi wstrząsnęły wydarzenia w Los Angeles. W mieście doszło do zatrzymania przez policję dwóch członków NOI, którzy bezpodstawnie zostali posądzeni o kradzież. Z pobliskiego meczetu Narodu Islamu na odsiecz przybyli inni czarni muzułmanie. Przeciwko muzułmanom wystawiono duże siły policji. Funkcjonariusze zastrzelili sekretarza świątyni Ronalda X Stokesa, pomimo tego, że wzniósł on ręce do góry. Policjanci postrzelili ponadto sześciu innych członków wspólnoty oraz wtargnęli do meczetu. Żaden z przebywających na miejscu muzułmanów nie miał przy sobie broni. Incydent zradykalizował skrzydło NOI skupione wokół Malcolma X i przybliżył je do rewolucyjnego skrzydła ruchu praw obywatelskich.