W grudniu 1963 roku Malcolm X został bezterminowo, a de facto na zawsze, zawieszony w pełnieniu funkcji kierowniczych w NOI. Decyzja podjęta została przez samego E. Muhammada. W marcu 1964 roku Malcolm X oficjalnie ogłosił zerwanie z NOI; aktywista przyjął następnie islam w sunnickim wydaniu oraz rozdzielił działalność religijną i polityczną. Religijnym skrzydłem ruchu zapoczątkowanego przez Malcolma X był Meczet Muzułmański, a politycznym Organizacja Jedności Afroamerykańskiej. E. Muhammad i kierownictwo NOI rozpoczęło kampanię propagandową wymierzoną w ruch prowadzony przez Malcolma X. Kampania zakończyła się wraz z zamachem z 21 lutego 1965 roku, w którym Malcolm X został zastrzelony przez aktywistów NOI. Do dziś nie wiadomo kto zlecił zabójstwo; część źródeł wskazuje na sekretarza NOI Johna Alego, który był zarazem tajnym współpracownikiem Federalnego Biura Śledczego. thumb|280px|Meczet NOI w Baton Rouge Śmierć Malcolma X przyczyniła się do ekspansji islamu w Stanach Zjednoczonych. Na fali popularności tego wyznania skorzystał głównie Naród Islamu. NOI była ponadto jedyną organizacją afroamerykańskich radykałów, której FBI nie zdołało zmarginalizować.