Wraz z profesorem Kazimierzem Michałowskim brał udział w polsko-francuskich badaniach archeologicznych w Edfu (Górny Egipt). Jako wybitny naukowiec uczestniczył w światowych kongresach papirologicznych w Lejdzie (1931), Monachium (1933), Florencji (1935) i Oksfordzie (1937). W 1936 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego filologii klasycznej KUL. We wrześniu 1937 został mianowany profesorem nadzwyczajnym na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. W 1937 „za zasługi na polu pracy naukowej” został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi.. Otrzymał też tytuł profesora zwyczajnego UJ.
We wrześniu 1939 przebywał we Lwowie, mimo zajęcia miasta przez Związek Radziecki nadal wykładał na Uniwersytecie. Kiedy w 1941 uczelnię zamknięto, najpierw pracował w firmie budowlanej, a następnie z żoną Marią z Czekalskich (1903–1957) prowadził kawiarnię. Równocześnie wykładał na tajnych kompletach i pracował naukowo, był jednym z ratujących księgozbiór seminarium filologicznego. W 1944 Związek Radziecki reaktywował uczelnię Uniwersytet im. Iwana Franki i Jerzy Manteuffel powrócił do pracy w katedrze filologii klasycznej.