Otrzymał stanowisko kierownicze, ale w 1945 razem z tysiącami rodaków w ramach akcji repatriacyjnej znalazł się we Wrocławiu.
Po krótkim pobycie, w tym samym roku przyjął zaproszenie do prowadzenia tworzonej Katedry Papirologii Uniwersytetu Warszawskiego. Był współtwórcą i kierownikiem Zakładu Papirologii UW. W 1946 uzyskał tytuł profesora zwyczajnego oraz został członkiem korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności. Był również członkiem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, zainicjował prowadzenie badań papirologicznych w Polsce. W 1951 rozwinęła się trwająca od lat młodzieńczych choroba serca, która uniemożliwiła mu dalszą pracę naukową.
Zmarł 14 stycznia 1954 w Warszawie, pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 67-3-28).
Materiały archiwalne Jerzego Manteuffla znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-16Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2024-01-03]..
Jego uczniami byli Jerzy Łanowski i Anna Świderkówna.