Projekt thumb|left|Lądujący XC-99, widoczne jeszcze pojedyncze koła podwozia głównego W maju 1944 roku zespół inżynierów pod kierunkiem Robertsa R. Hoovera przeniesiono do San Diego gdzie rozpoczęto budowę makiety samolotu. W Kalifornii powstawał nowy kadłub maszyny. Skrzydła, podwozie i usterzenie miały pochodzić od B-36, którego linia montażowa znajdowała się w Fort Worth. Po dostarczeniu koleją z Teksasu wspólnych dla obu maszyn elementów, ostateczny montaż XC-99 odbywał się na wolnym powietrzu. W kalifornijskich zakładach nie było na tyle wysokiego budynku, który mógłby pomieścić liczącą ponad 17 metrów wysokości konstrukcję. 23 listopada 1947 roku (niektóre źródła podają datę o dzień późniejszą) XC-99 o numerze seryjnym 43-52436 po raz pierwszy wzbił się w powietrze. Za sterami maszyny siedzieli Russel R. Rogers i Beryl A. Errickson, pozostałą załogę stanowili radiooperator William C. Geopfarth, obserwatorzy L.J. Bordelon i Larry Brandvig, inżynierowie pokładowi B.B. Gray i Mel Clause oraz inżynierowie monitorujący przebieg testowego lotu T. Ready i Gil A. Hofeller. Pierwsza faza prób w locie trwała osiemnaście miesięcy, podczas których maszyna wykonała dziesięć lotów. W grudniu 1948 roku zmodernizowano podwozie główne. Pojedyncze koła każdego z wózków zamieniono na czterokołowe wózki z kołami o średnicy 1,42 m.