Spowodowane było to ogromnym naciskiem, jakie wywierały pojedyncze koła o średnicy 2,79 m, co czyniło je największymi kołami podwozia głównego w historii lotnictwa. Poza rekordowym rozmiarem powodowało to również to, iż na terenie Stanów Zjednoczonych były jedynie trzy lotniska, których płyty mogły wytrzymać taki ciężar. Wymiana wózków i kół spowodowała potrzebę powiększenia wnęk w skrzydłach, do których chowane było podwozie główne. 15 kwietnia 1949 roku wykonano ostatni, dziesiąty lot w ramach pierwszego etapu prób. Był to o tyle niezwykły lot, na pokładzie samolotu umieszczono 45 359 kg cynkowych prętów. Był to wówczas największy ładunek, jaki uniesiony został w powietrze na pokładzie samolotu. Od 23 kwietnia do 7 maja swoje badania w locie prowadziła US Air Force, która 26 maja 1949 roku przyjęła samolot na swoje uzbrojenie.
Służba thumb|left|XC-99 w Kelly Air Force Base Samolot znalazł się na wyposażeniu 436th Bombardment Squadron wchodzącego w skład 7th Bomb Wing z Carswell Air Force Base mieszczącej się w Fort Worth. 9 czerwca 1949 roku maszyna odbyła swój pierwszy lot w składzie nowego dywizjonu. Kolejne pięć lotów przebiegało bez zakłóceń, aż do awaryjnego lądowania na terenie Kelly Air Force Base.