Kolejne misje, są już działaniami bezpośrednimi przeciwko głównemu wrogowi. Podczas przemówienia Menendeza do swych zwolenników „Cordis Die” w Jemenie, główny plac zostaje zaatakowany przez siły amerykańskie, w rezultacie czego lider „Cordis Die” postanawia uciec, pomaga mu w tym podwójny agent Farid (informuje drużynę Davida o kolejnych krokach Raula). Nastąpi też kolejny moment, w którym to gracz będzie mógł wybrać, czy zabić, czy oszczędzić swojego kolegę z drużyny (USA), który zostaje schwytany. Gracz, jako Farid, pod naciskiem Menendeza, sam musi zdecydować. Podczas inwazji wojsk USA z Davidem Masonem, Menendez dobrowolnie się poddaje (jest to kolejna część jego planu) i zostaje sprowadzony na pokład statku U.S.S Barrack Obama. Tam udaje mu się uciec, za pośrednictwem jednego z członków drużyny Davida, przedostaje się do stacji dowodzącej, gdzie jego siły eliminują strażników, a następnie sam on wyciąga ze swego sztucznego oka, chip, który ma przeprogramować sprzęt elektroniczny USA.