Z polecenia swojego nauczyciela, prof. L. Cohena Stuarta, został zatrudniony przez ministra robót publicznych J. Tak van Poortvlieta (1839–1904) jako konsultant przy opracowywaniu projektu ustawy Kanalenwet zakwestionowanym w parlamencie. Projekt ustawy został ostatecznie odrzucony, ale Lely wyrobił sobie dobrą opinię.
22 grudnia 1881 roku ożenił się z Gerardą Jacobą van Rinsum, córką maklera z Amsterdamu, z którą miał trzech synów i jedną córkę.
W 1879 roku jeden z dawnych szefów Lely’ego, Van der Toorn, został przeniesiony do Hagi, gdzie zajmował się regulowaniem rzek. Lely wyjechał razem z nim, po czym powierzono mu projekt kanału Amsterdam-Tiel. Z powodu braku środków projektu nie zrealizowano. Lely odszedł na własną prośbę w 1881 roku i do 1883 roku zajmował się nadzorem niwelacji w Lejdzie. Następnie pracował jako inżynier w regionalnej radzie wodnej Waterschap De Schipbeek w Deventer, skąd z braku pieniędzy na realizację jego planów został zwolniony w 1885 roku. Lely wraz z rodziną musieli skorzystać ze wsparcia finansowego ojca. Po bezskutecznych poszukiwaniach pracy Lely ostatecznie zdecydował się w 1886 roku przyjąć posadę adiunkta w Delfce.