Działalność polityczna Od 1887 roku Lely był szefem komitetu ds. badań technicznych przy Radzie Zuiderzee, który zajmował się projektem zamknięcia i osuszenia zatoki Zuiderzee. Kontrakt Lely’ego kończył się, a on sam nosił się ok. 1890 roku z zamiarem wyjazdu do Brazylii. Latem 1891 roku otrzymał niespodziewaną propozycję objęcia stanowiska ministra gospodarki wodnej, handlu i przemysłu. Lely sprawował urząd ministra w latach 1891–1894. Jako minister powołał państwową komisję mającą za zadanie zbadać, czy projekt dotyczący Zuiderzee powinien być zrealizowany, a sam został jej przewodniczącym. W swoim sprawozdaniu końcowym komisja opowiedziała się za realizacją projektu. Niecały miesiąc potem upadł gabinet Van Tienhovena, a nowy rząd nie podejmował żadnych decyzji w sprawie projektu.
W 1894 roku został wybrany na posła do Tweede Kamer – kandydował, by móc nadal wywierać wpływ na plany dotyczące osuszenia Zuiderzee. W 1895 roku powołano go na członka Królewskiej Akademii Nauk (niderl. Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen) na Wydziale Fizyki.