W 1897 roku ponownie objął stanowisko ministra gospodarki wodnej, handlu i przemysłu. Podczas tej drugiej kadencji przyjęto w 1900 roku ustawę o wypadkach (niderl. Ongevallenwet), w 1901 roku ustawę o górnictwie (niderl. Mijnwet) oraz podjęto budowę nowego portu rybackiego w Scheveningen (1899). Kosztorys zamknięcia i osuszenia Zuiderzee był dyskutowany w parlamencie w 1901 roku. W związku ze sprzeciwem ministra finansów inwestycja została ograniczona do budowy zapory Afsluitdijk oraz dwóch mniejszych, zachodnich polderów.
Po wyborach w 1901 roku Lely został członkiem Tweede Kamer, lecz nie znalazł się w rządzie, a jego projekt został wycofany. W 1902 roku został gubernatorem Surinamu i sprawował tę funkcję do 1905 roku. W latach 1905–1910 zasiadał ponownie w Tweede Kamer, a w latach 1910–1913 w Eerste Kamer. W 1905 roku politechnika w Delfcie nadała mu tytuł doktora honoris causa.
W latach 1908–1913 Lely sprawował również funkcję starosty (niderl. wethouder ) w Hadze. W latach 1906–1913 był przewodniczącym Rady Powierniczej Królewskiego Holenderskiego Instytutu Meteorologicznego.