Wkrótce nastąpiło załamanie formy tenisistki z Warszawy, do czego w dużym stopniu przyczyniły się problemy osobiste. Marta startowała w wielu turniejach, ale tylko w nielicznych wygrywała spotkania. Do końca roku wyszła zwycięsko zaledwie z pięciu pojedynków i, jak sama przyznała, myślała o zakończeniu kariery sportowej. Latem osiągnęła dobre wyniki w grze podwójnej, wśród których znajdują się finał w Cincinnati (razem z Sanią Mirzą) i półfinał w Stanford z Marion Bartoli.
2007 Początek roku 2007 nie przyniósł znaczących zmian. Domachowska straciła pozycję numer jeden w Polsce na rzecz Agnieszki Radwańskiej i wypadła nawet do trzeciej setki światowej klasyfikacji WTA. Tenisistka nie była w stanie przejść kwalifikacji turniejowych. Na Australian Open po raz pierwszy zagrała w deblu ze starszą z sióstr Radwańskich. Polski debel odpadł w pierwszej rundzie. W marcu Polka odniosła pierwszą wygraną od dłuższego czasu, pokonując Catalinę Castaño w Indian Wells. Miesiąc później doszła do półfinału imprezy ITF w Dinan. Po raz drugi zagrała w Pucharze Federacji, zdobywając indywidualnie dwa punkty dla drużyny. W grze podwójnej grała z obiema siostrami Radwańskimi, ale Polki nie zwyciężyły żadnego z tych spotkań.