w ostatnim meczu przegrała z Anabel Mediną Garrigues. Po tym występie do września zwyciężyła tylko trzy spotkania singlowe. Przełom nastąpił w Pekinie, gdzie była w półfinałach. Ograła Meghann Shaughnessy i Zheng Jie, a Venus Williams ćwierćfinał oddała walkowerem. Marta nie poradziła sobie z Niemką Anną-Leną Grönefeld.
2006 Udanie otworzyła sezon 2006, wygrywając pierwszy w karierze turniej WTA w grze podwójnej. Miało to miejsce w stolicy Australii, Canberze, a partnerowała jej Włoszka Roberta Vinci. Była to ostatnia edycja tej imprezy i polsko-włoski duet nie miał szans na obronę tytułu. W singlu odpadła w pierwszej rundzie; podobnie jak tydzień później w Melbourne. Tam trafiła na jedną z głównych faworytek, Belgijkę Justine Henin-Hardenne. Pod koniec stycznia Domachowska udała się do Urtijëi i zaliczyła tam finał, przegrany w trzech setach z Evą Birnerovą. Kolejny sukces Domachowska odniosła w amerykańskim Memphis. Na twardych kortach dotarła do finału, trzeciego w karierze. Została pokonana przez Sofię Arvidsson. W Indian Wells odpadła w trzeciej rundzie. 3 kwietnia została sklasyfikowana na najwyższym w karierze, trzydziestym siódmym miejscu w rankingu WTA.