Stała się ona wstępem do wypadków 15 sierpnia, w wyniku których na ulicach Warszawy śmierć poniosło kilkadziesiąt osób.

Po powstaniu listopadowym pałac stracił na znaczeniu, gdyż oficjalną siedzibą namiestników Królestwa Polskiego (od 1874 generał-gubernatorów warszawskich) stał się Zamek Królewski. Mieściły się w nim różne urzędy, m.in. Biuro Przyboczne Namiestnika, Rada Administracyjna, Kancelaria Ogólnego Zebrania Senatu i Heroldia Królestwa Polskiego. W 1844 w dawnym apartamencie generała Józefa Zajączka zamieszkał prezes Heroldii Aleksander Colonna-Walewski, a później jego następca Franciszek Stanisław Potocki.

W marcu 1852 w pałacu wybuchł pożar. Od belki przechodzącej przez komin Sali Balowej zapaliły się dach, drugie piętro, a następnie pierwsze piętro gmachu. Walcząca z żywiołem przez wiele godzin Warszawska Straż Ogniowa musiała wzywać na pomoc wojsko, a w okolicznych studniach zabrakło wody. W wyniku pożaru całkowitemu zniszczeniu uległ korpus główny pałacu (ocalały tylko pomieszczenia parteru chronione masywnymi sklepieniami).