Kirgizi ponownie zwracali się z prośbami o pomoc do Imperium Rosyjskiego w 1814 oraz w 1825.
Pomysł ekspansji na tereny Azji Środkowej pojawiał się w rosyjskiej myśli politycznej już od czasów XVIII wieku, był on jednak początkowo realizowany powoli. Nowa dynamika nadeszła wraz z porażką w wojnie krymskiej i rosnącą obecnością Brytyjczyków w Azji Środkowej. W latach 50. XIX przyczółki rosyjskie dotarły do granic ziem kirgiskich. W 1855 do Omska przybył poseł plemienia , i w imieniu plemienia złożył przysięgę na wierność carowi. Rosjanie rozpoczęli wówczas penetrację ziem kirgiskich, początkowo poprzez ingerencje w konflikty między kirgiskimi plemionami. W 1859 doszło do pierwszych starć z siłami kokandzkimi w przełęczy Kastek, a w 1860 Rosjanie zniszczyli kokandzkie forty Tokmak i Piszkek. Kokand wysłał wówczas 20 tysięczne siły, by zniszczyć rosyjski fort Wiernyj (obecnie Ałmaty), główną rosyjską bazę w regionie. Siły te zostały pokonane przez 2 tys. Rosjan pod wodzą płk. w .
thumb|Bitwa pod Uzun-agacz, obraz Nikołaja Karazina
Po bitwie pod Uzun-agacz na stronę rosyjską przeszły także plemiona Sarybagysz i Solto, a z ich pomocą Rosjanie zdobyli Piszpek i Tokmak. W 1864 wysłali ekspedycję wojskową, która opanowała Czimkent i Taszkent. Do 1867 Rosjanie podporządkowali sobie wszystkie północne plemiona kirgiskie, a w 1868 Chanat Kokandzki stał się rosyjskim protektoratem.