Wpływy islamu Wpływy te zaczęły się po podporządkowaniu Fergany (jako części Farārud فرارود) przez Arabów, a rozwinęły się za Samanidów. W XII stuleciu Imperium Chorezmijskie objęło swoim zarządem północną część „Kirgistanu”. W wiekach X – XII istniejącym tu kaganatem władali Karachanidzi.
Drugi okres najazdów W późniejszych wiekach ziemie dzisiejszego Kirgistanu zdobyte zostały przez koczownicze plemiona tureckie wywodzące się z górnego dorzecza Jeniseju. Po podboju mongolskim w XIII w. do XIV w. był samodzielnym organem państwowym. W tym okresie koczujący Kirgizi zasymilowali się z miejscową ludnością osiadłą i napływającymi tu Kimakami, dając początek obecnym mieszkańcom Kirgistanu.
Nowożytność Wojny z Chanatem Dżungarskim Gdy zjednoczył plemiona Ojratów i stworzył Chanat Dżungarski (na terenie obecnej Dżungrii), zwrócił swoją uwagę na Azję Środkową. W 1643 roku armia dżungarska zdołała dotrzeć aż do miast Taszkent i Jasy (obecnie Turkiestan). Był to początek długiej i wyczerpującej wojny o region Issyk-kul, środkowy Tienszan i inne ziemie Kirgizów. W konflikcie tym sojusznikami Kirgizów zostali Kazachowie oraz uzbecka i tadżycka ludność Fergany. Szczególne nasilenie napór Dżungarów osiągnął w latach 80. XVII wieku oraz w okresie 1720–1740.