Spowodowało to exodus ludności kirgiskiej do Jarkendu, Chotanu, Fergany, a nawet północnego Afganistanu. W latach 40. XVIII wieku udało się zadać Dżungarom wiele klęsk i wyprzeć ich z terenu Azji Środkowej. Wojny Kirgizów z Dżungarami stały się tematem serii eposów, takich jak Manas, Kurmanbek, Janysz i Bajysz, Jangil Mirza oraz Er-Koszoj.
Zależność od Chanatu Kokandzkiego Na początku XVIII wieku południowa część ziem zamieszkanych przez Kirgizów znalazła się pod wpływem Chanatu Kokandzkiego, podczas gdy część północna zachowała niezależność. Początkowo władcy chanatu szukali sojuszu z głowami rodów kirgiskich i nie ograniczali ich suwerenności. Ważnym sojusznikiem władcy Kokandu, , był Kubat-bij, przywódca kirgiskiego rodu z plemienia Kuszczu, nazywany carem Kirgizów. Kubat-bij zachował znaczną niezależność i utrzymywał stosunki dyplomatyczne z Chinami. W latach 60. XVIII wieku powstał drugi związek plemion kirgiskich pod wodzą Khadjiego-bija z plemienia Adygene. W 1762 Khadji-bij został pobity przez Irdanę, który zdobył Özgön i Osz. Do lat 80.