Po wypowiedzeniu się Rady Wojennej przeciwko dalszemu prowadzeniu walki w dniu 23 września Niemojowski złożył prezesurę. 5 października 1831 oddziały powstańcze pod dowództwem ostatniego wodza naczelnego powstania gen. Macieja Rybińskiego przekroczyły granicę Królestwa Polskiego i Królestwa Prus w okolicach wsi Jastrzębie, gdzie ogłosili kapitulację i złożyli broń. Armia liczyła jeszcze 19.871 ludzi, w tym 9 generałów, 89 oficerów sztabowych i 416 młodszych oficerów. Wraz z armią na emigrację udały się też władze powstańcze z ostatnim prezesem Rządu Narodowego na czele, członkowie sejmu i liczni politycy m.in. Joachim Lelewel, oraz znani poeci porucznik Wincenty Pol i Seweryn Goszczyński. Odchodząc na obczyznę świadczyli, że nie zrezygnują z podjętego celu. Po przekroczeniu granicy pruskiej na rzece Pissie żołnierze armii polskiej zostali internowani w obozach nad Drwęcą w okolicach zabudowań klasztoru franciszkanów w Brodnicy. Po krótkiej kwarantannie udał się na dalszą emigrację. Początkowo przebywał w Paryżu i brał udział w życiu emigracji. Po utworzeniu przez „kaliszan” 6 listopada 1831 Komitetu Tymczasowego Emigracji Polskiej objął w nim prezesurę, ale wkrótce po jego rozwiązaniu, zrażony do polityków emigracyjnych, przeniósł się do Brukseli, gdzie spędził ostatnie lata swojego życia.