minucie zastąpił Christiana VieriegoBrazil vs Italy, 8 June 1997 i od tego stał się stałym zawodnikiem drużyny Azzurrich, w której wraz z napastnikami takimi jak m.in.: Roberto Baggio, Alessandro Del Piero, Francesco Totti, Christian Vieri stanowił trzon drużyny Azzurrich, z którą uczestniczył na mistrzostwach świata 1998 i 2002 oraz zdobył wicemistrzostwo Europy 2000. Na mistrzostwa Europy 2004 w Portugalii nie uczestniczył z powodu rehabilitacji po operacji kostki.
Świetna forma na początku 2006 roku została dostrzeżona przez selekcjonera reprezentacji Włoch, Marcello Lippiego, który powołał go na mistrzostwa świata 2006 w Niemczech, w których drużyna Azzurrich triumfowała, a Inzaghi wystąpił w jednym meczu: 22 czerwca 2006 roku na AOL Arenie w Hamburgu w ostatnim meczu fazy grupowej z reprezentacją Czech, w którym w 60. minucie zastąpił Alberto Gilardino i zdobył gola w 87. minucie ustalającego wynik meczu na 2:0.
Ostatni mecz w drużynie Azzurrich rozegrał 8 września 2007 roku na San Siro w Mediolanie w bezbramkowo zremisowanym meczu eliminacyjnym mistrzostw Europy 2008 z reprezentacją Francji, w którym w 65. minucie został zastąpiony przez Cristiano LucarelliegoItaly vs France, 8 September 2007, Euro qualification .