Członek założyciel Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie.
W 1959 powrócił do Polski, rozpoczynając pracę jako kierownik Zakładu Niskich Temperatur Instytutu Fizyki Polskiej Akademii Nauk we Wrocławiu. Od 1960 profesor Uniwersytetu Wrocławskiego. W 1960 naukowcy pod jego kierownictwem po raz pierwszy w Polsce skroplili hel. Zakład prowadzony przez profesora był również pierwszym ośrodkiem w Polsce, w którym prowadzono badania nad nadprzewodnictwem. Józef Mazur był promotorem czterech, a recenzentem dwudziestu prac doktorskich. W 1969 przeszedł na emeryturę.
Członek Polskiego Towarzystwa Fizycznego, Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego, Honorowy Prezes Towarzystwa Miłośników Zagłębia Dąbrowskiego. Znał biegle pięć języków.
Pochowany w rodzinnym grobie Mazurów na cmentarzu parafialnym przy ul. Nowopogońskiej w Czeladzi.
Ordery i odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (11 listopada 1936) „za zasługi na polu pracy zawodowej i społecznej”. Medal Niepodległości Air Force Medal (Wielka Brytania) Defence Medal (Wielka Brytania) War Medal 1939–1945 (Wielka Brytania) Croix des Combattans Volontaires (Francja)
Upamiętnienie W 1996 w setną rocznicę urodzin profesora, biskup Adam Śmigielski poświęcił w kościele św.