18 lipca 2013 roku sąd w Kirowie skazał Nawalnego na pięć lat więzienia. Według sądu działalność polityka w państwowej spółce Kirowles przynosiła jej straty. Po ogłoszeniu wyroku na ulicach Moskwy i Petersburga odbyły się demonstracje wyrażające poparcie dla Nawalnego. W październiku sąd drugiej instancji podtrzymał wyrok, jednak zawiesił wykonanie kary na okres pięciu lat. 4 grudnia, po uprawomocnieniu się wyroku, Izba Adwokacka pozbawiła Nawalnego statusu adwokata. 23 lutego 2016 Europejski Trybunał Praw Człowieka uznał, że w toku postępowania przed rosyjskim sądem naruszono prawa Nawalnego oraz drugiego oskarżonego, (1975–2018), do sprawiedliwego procesuWyrok Europejskiego Trybunału Praw Człowieka..
thumb|Wiec wyborczy Nawalnego na placu Błotnym w Moskwie, 9 września 2013 thumb|Procent Moskwian, którzy głosowali na Nawalnego w wyborach na mera Moskwy w 2013 roku We wrześniu 2013 roku wziął udział w wyborach na mera Moskwy, w których zajął drugie miejsce zdobywając 27,24% głosów. Polityk nie uznał wyników wyborów i żądał przeprowadzenia II tury. Cztery dni po wyborach złożył wniosek w moskiewskim sądzie miejskim o unieważnienie wyborów. We wniosku skarżył się na nierówny dostęp kandydatów do mediów oraz wykorzystywanie w nieprawidłowy sposób urzędu mera przez Siergieja Sobianina.