Pierwsza przygoda z ekstraklasą nie była dla toruńskiego (od tego sezonu jako KS Marwit Toruń) zespołu udana. W ciągu całego sezonu uzbierał jedynie 16 punktów i spadł z najwyższej klasy rozgrywkowej już w rok po awansie. Jednak po kolejnych dwunastu miesiącach drużyna Pomarańczowych ponownie mogła cieszyć się z awansu do ekstraklasy. W kolejnym sezonie udało się obronić miejsce w najwyższej klasie rozgrywkowej po tym, jak zespół z Torunia zajął w sezonie 2011/12 miejsce piąte. Rok później Marwitowi udało się obronić piąte miejsce w ekstraklasie.

FC Toruń Po sezonie 2012/2013 sponsor tytularny klubu – przedsiębiorstwo Marwit wycofało się ze sponsorowania klubu. W wyniku wiążących się z tym problemów finansowych KS Marwit wycofał się z rozgrywek ekstraklasy, zmienił nazwę na Football Club Toruń i rozpoczął grę w I lidze. W sezonie 2014/2015 drużyna po zajęciu pierwszego miejsca w grupie północnej awansowała do ekstraklasy. W debiutanckim sezonie w Futsal Ekstraklasie podopieczni Klaudiusza Hirscha zajęli 5.