Misjonarz Krwi Chrystusa W lipcu 1820 roku młody ks. Merlini, za namową swojego przyjaciela ze studiów, wziął udział w rekolekcjach ignacjańskich (ćwiczeniach duchowych) głoszonych osobiście przez św. Kaspra del Bufalo w opactwie San Felice w Giano dell'Umbria, będącym pierwszym domem nowo powstałego Zgromadzenia Misjonarzy Krwi Chrystusa. Zafascynowany duchowością nowo powstałego zgromadzenia, postanowił do niego dołączyć, stając się z czasem najbliższym przyjacielem i powiernikiem samego św. Kaspra.
Jan Merlini bardzo szybko zasłynął we Włoszech jako wybitny spowiednik i kierownik duchowy. Z jego rad przez wiele lat korzystała m.in. św. Maria De Mattias, którą duchowo wspierał w powołaniu do życia zgromadzenia Adoratorek Krwi Chrystusa. Spowiadał również i wspierał lokalną arystokrację. Był bardzo cenionym kaznodzieją;