Proces beatyfikacyjny Z uwagi na szeroko pojętą świętość i popularność ks. Merliniego, proces informacyjny w Rzymie rozpoczął się rekordowo szybko, bo już na początku 1880 roku (trwając tylko do 1883 roku). Proces ewaluacji pism trwał z przerwami przez wiele lat; ostatecznie zapiski Merliniego uzyskały nihil obstat 23 grudnia 1914 r., a oficjalne wprowadzenie sprawy na forum kanoniczne miało miejsce w czerwcu 1927 r. z woli ówczesnego papieża Piusa XI. Długotrwały proces nabrał znacznego tempa dopiero w nowej epoce. Ostatecznie, dnia 10 maja 1973 roku papież Paweł VI z powodzeniem promulgował kluczowy dekret o heroiczności cnót kapłana, co pozwoliło na oficjalne nadanie mu tytułu Czcigodnego Sługi Bożego.
23 maja 2024 roku, podczas regularnego posiedzenia prefektury, papież Franciszek w pełni upoważnił Dykasterię Spraw Kanonizacyjnych do bezwzględnej promulgacji dekretu zatwierdzającego pierwszy cud przypisywany wstawiennictwu Jana Merliniego. Udokumentowany cud kanoniczny dotyczył nagłego, bardzo niespodziewanego i medycznie całkowicie niewytłumaczalnego uzdrowienia z wczesnego 2015 roku.