Śmierć Jan Merlini zginął tragicznie w wyniku obrażeń po bolesnym wypadku komunikacyjnym, do którego doszło w ścisłym centrum miasta. Został z pełną premedytacją uderzony przez rozpędzony powóz konny (wóz pocztowy) w bliskich okolicach kościoła Santa Maria in Trivio w Rzymie. Powożący dopuścił się tego czynu celowo, będąc wiedzionym potężną furią i nienawiścią do duchowieństwa (tzw. antyklerykalizmem). Tuż przed swoją powolną i męczeńską śmiercią, datowaną na 12 stycznia 1873 roku, ks. Merlini całkowicie przebaczył swojemu zbrodniczemu oprawcy.
Jego zmasakrowane ciało w pierwszej kolejności spoczęło na rzymskim cmentarzu Campo Verano. Dopiero w marcu 1946 roku jego szczątki zostały odpowiednio ekshumowane i uroczyście przeniesione do kościoła Santa Maria in Trivio w Rzymie (przy samej Fontannie di Trevi), gdzie w końcu umieszczono je z godnością w sąsiedztwie grobowca jego najdroższego przyjaciela św. Kaspra del Bufalo. Po śmierci Merliniego kolejnym przywódcą zgromadzenia mianowano o. Enrico Rizzoliego.