Po wysiedleniu z getta, co wiązało się z niemieckimi planami likwidacji dzielnicy żydowskiej, objął funkcję proboszcza nowo powstałej parafii św. Floriana na Pradze w Warszawie. Został zastrzelony na progu swojej plebanii przez polskie podziemie narodowe. Według różnych relacji ks. Garncarek został zastrzelony gdy wychodził ze świątyni po odprawieniu Mszy świętej, w kancelarii lub na progu plebanii. Uznaje się, iż przyczyną zabójstwa księdza, była jego pomoc ludności żydowskiej i fakt ukrywania Żydów na terenie kościoła. Według innych hipotez ksiądz został zastrzelony przez pomyłkę, a celem zabójców był kościelny współpracujący z Niemcami. Muzeum Żydów Polskich Polin podaje na jednej ze swoich podstronhttps://sztetl.org.pl/he/towns/v/18-varshe-vrshh/116-try-zkrvn-lyhvdym-shnrtskhv/52182-kosciol-sw-augustyna-w-warszawie-ul-nowolipki-18 Informacja odczytana 14 maja 2021 r. że ks. Garncarek został zamordowany przez Niemców (12 grudnia 1943 r.). Jest i inna wersja tego wydarzenia. We „Wspomnieniach Antoniaków” z sierocińca na Baraskiej w relacji Kazimierza Tomaszewskiego znajduje się takie wyjaśnienie zagadki śmierci księdza Garncarka: