Na początku 2012 roku przesunięto datę premiery gry na system Windows o trzy miesiące, więc zadebiutowała dopiero 24 lipca 2012 roku.
Soundtrack
DLC Do Prototype 2 w wersji na PlayStation 3 i Xbox 360 wydano dwa dodatki DLC. Pierwszy to Colossal Mayhem Pack, który miał premierę 8 maja 2012 roku. Zawiera on nową broń o nazwie Thermobaric Boomstick oraz trzy nowe skórki dla postaci Hellera. Natomiast drugi o nazwie Excessive Force Pack został wydany 29 maja 2012 roku. Podobnie jak pierwszy także zawiera nową broń – Viral Infector Grenade Launcher oraz trzy skórki dla postaci Hellera.
Odbiór gry
Gra została dobrze przyjęta przez krytyków osiągając średnią ocen w serwisach Metacritic i GameRankings 79/100 i 79,14% w wersji na PlayStation 3, 74/100 i 75,67% na Xbox 360 oraz 81/100 i 86,50% na PC z systemem Windows. Krytyk serwisu Gry-Online w swojej recenzji gry Prototype 2 zachwalał system walki, który nazwał widowiskowym, sposób poruszania się postaci, polowania na ofiary, infiltrowanie baz, otwarty świat gry oraz nowe moce i przeciwników. Natomiast skrytykował grę za głównego bohater, chaotyczną fabułę oraz monotonne misje i brak wyzwań. Recenzent portalu IGN pochwalił twórców gry za otwarty świat, rozgrywkę (m.in. walkę i sposób rozwoju bohatera), menu główne gry oraz czarno-białe przerywniki filmowe.