Od tej pory Heller rozwija swoje nadludzkie umiejętności i stara się pomóc Mercerowi powstrzymać badania wrogiej firmy.
Rozgrywka Rozgrywka w Prototype 2 jest bardzo podobna do tej z pierwszej części gry. Bohater sterowany przez gracza posiada nadludzkie zdolności i moce, które wykorzystuje w walce ze swoimi wrogami. Postać za walkę otrzymuje punkty ewolucji, które gracz może przeznaczyć na ulepszeniem statystyk tj. zdrowie, regeneracja czy prędkość. Wraz z rozwojem fabuły zyskuje także nowe bronie (m.in. szpony, kamienne pięści, bicz, ostrze). W grze obecne są także biobomby, które pozwalają zamieniać przeciwników w granaty oraz dewastatory, które powodują eksplozję materii. Ponadto gracz może przyzywać bestie, które pomagają mu w eksterminacji hord wrogów.
Produkcja
3 grudnia 2010 roku na stronie wydawcy gry, czyli Activision Blizzard ujawniono, że w produkcji znajduje się kontynuacja gry Prototype. Oficjalna zapowiedź Prototype 2 wraz z pierwszym zwiastunem pojawiła się 11 grudnia 2010 roku na Spike TV Video Game Awards. W lipcu 2011 roku ogłoszono oficjalną datę premiery gry w wersjach na PlayStation 3, Xbox 360 i Microsoft Windows. Ustalono ją na 24 kwietnia 2012 roku.