Choć większość cesarskiego zgromadzenia doradczego była zadowolona z takiego obrotu spraw i zamierzała współpracować z Tokugawą (zgodnie z koncepcją polityczną, skoncentrowaną na systemie parlamentarnym), Takamori Saigō chciał zmusić zgromadzenie do zniesienia tytułu „sioguna” oraz konfiskaty wszelkich ziem YoshinobuW trakcie przerwy Saigō, którego oddziały stacjonowały niedaleko, „stwierdził, iż do osiągnięcia zgody wystarczyłby jeden, krótki miecz” (Keene, p. 122)..
Początkowo zgodziwszy się na żądania strony cesarskiej, 17 stycznia 1868 roku Yoshinobu zadeklarował „że proklamacja restauracji nie jest dla niego wiążąca i odwołał się do dworu, aby ją cofnęła”. 24 stycznia zadecydował o przygotowaniu ataku na Kioto, zajętego przez wojska Satsumy i Chōshū. Na decyzję wpłynął fakt licznych podpaleń w Edo, które rozpoczęły się od spalenia zewnętrznych umocnień zamku Edo, głównej rezydencji Tokugawów.
Przygotowania thumb|left|Takamori Saigō (w wysokim hełmie) dokonuje inspekcji wojsk Chōshū pod Fushimi thumb|left|Oddziały Aizu wysiadające w Fushimi
Bitwa rozpoczęła się, kiedy siły siogunatu ruszyły na Kioto, aby dostarczyć list od Yoshinobu, ostrzegający cesarza o intrydze knutej przez samurajów Satsumy oraz popierających ich pałacowych oficjeli (wśród nich Tomomi Iwakura).