Licząca 15 000 żołnierzy armia sioguna miała przewagę w stosunku 3:1 nad stronnictwem cesarskim i składała się głównie z sił Kuwany oraz Aizu, wspartych przez Shinsengumi. Choć niektórzy wojownicy byli najemnikami, inni byli wyszkoleni przez francuskich doradców wojskowych. Niektórzy wystawieni w przednich liniach byli wyposażeni w archaiczne naginata i miecze. Siły Aizu były kombinacją nowoczesnych żołnierzy oraz samurajów, podobnie jak siły Satsumy (choć w mniejszym stopniu). Siły siogunatu posiadały prawie całkowicie wyposażone oddziały, wojska Chōshū były zaś najnowocześniejsze. Wedle Conrada Totmana:
thumb|Żołnierze siogunatu w zachodnich mundurach thumb|Oddziały szkolone przez Francuzów (denshūtai)
Wojskom siogunatu brakowało zapału do walki, co wnioskować można po wielu nienaładowanych karabinach żołnierzy stojących w awangardzie. Problemem było także zmotywowanie oraz akuratne przywództwo.
Wojsk Chōshū i Satsumy było trzy razy mniej, jednak wyposażone w nowoczesne haubice Armstronga, karabiny ładowane pociskami Minié oraz kilka kartaczownic Gatlinga. Siłom sioguna brakowało ekwipunku – oddziały elitarne natomiast były wytrenowane przez francuskich wojskowych.