W rezultacie postanowił zakończyć współpracę z Williamsem.
W sezonie 2005 przeszedł do zespołu Toyoty. W pierwszych 12 wyścigach występował gorzej od drugiego kierowcy zespołu Jarno Trulliego, ale już w Spa walczył z czołówką kończąc wyścig z najszybszym okrążeniem. Po wprowadzeniu specyfikacji „B” bolidu TF106 na ostatnie trzy wyścigi sezonu, Schumacher zdobył pole position w Grand Prix Japonii, a tydzień później zajął trzecią pozycję w Grand Prix Chin. W zmodyfikowanej wersji samochodu zdobył sześciu punktów, kończąc sezon z przewagą dwóch punktów nad Trullim. Współpracę z japońskim zespołem kontynuował w sezonach 2006 oraz 2007.
Po nieudanych sezonach 2006 i 2007 Toyota nie przedłużyła kontraktu z Schumacherem. Zawodnik był kandydatem na kierowcę zespołu Force India, ale ostatecznie owo miejsce zajął Giancarlo Fisichella. W latach 2008–2012 ścigał się w niemieckiej serii DTM. Na początku 2013 ogłosił zakończenie kariery kierowcy wyścigowego.
Życie prywatne Od października 2001 do lutego 2015 był mężem Cory-Caroline Brinkmann, z którą ma syna, Davida (ur. 23 października 2001), który także został kierowcą wyścigowym. 14 lipca 2024 dokonał coming outu i ogłosił, że jest w związku z mężczyzną o imieniu Etienne.