Oddziały rebelianckie działały w znacznym stopniu na własną rękę, mają własnych religijnych przywódców.

Jednak pomimo zwierzchnictwa Narodowej Rady Syryjskiej nad siłami opozycji, opozycja była rozbita wewnętrznie. Głównym problemem była mieszanka etniczna wśród opozycji oraz rozbieżne interesy pomiędzy poszczególnymi grupami. O rozdrobnieniu politycznym syryjskiej opozycji świadczyła konferencja kairska z początku lipca 2012. Po odrzucenia porozumienia genewskiego przez Zachód z Rosją przez syryjską opozycję, przewodniczący Ligi Państw Arabskich Nabil al-Arabi zaapelował na konferencji kairskiej do przeciwników Assada o zjednoczenie się. Jednak po wycofywaniu się z konferencji przez poszczególne opcje syryjskiej opozycji, zwłaszcza przez dyskryminowanych Kurdów, na sali obrad doszło do bójki między aktywistami.

Ponadto wielu opozycjonistów zarzucało nieefektywność NRS i odchodziło z tego podziemnego ugrupowania. Syryjski opozycjonista Haitham al-Maleh, który w marcu 2012 odszedł z NRS, ogłosił 31 lipca 2012, iż powierzono mu misję tworzenia rządu na uchodźstwie z siedzibą w Kairze. Wyjaśnił, że rząd reprezentował by naród po upadku reżimu. Abdel Basset Sajda zadeklarował, że będzie rozmawiał z wszystkimi opcjami o rządzie tymczasowym.