Z kolei Wolna Armia Syrii ogłosiła, iż rząd ewentualny w Kairze jeszcze bardziej podzielił by syryjską opozycję i byłby martwy z powodu braku poparcia.
W celu zreformowania swoich struktur i zwiększenia reprezentacyjności, w dniach 4-11 listopada 2012 syryjska opozycja zebrała się na konferencji w katarskiej Dosze. Pierwszą decyzją na konferencji było poszerzenie gremium Zgromadzenia Generalnego Narodowej Rady Syryjskiej z 222 do 420 osób. Dzięki temu główny opozycyjny organ mógł być bardziej reprezentacyjny. Obradowano ponadto nad wdrożeniem planu polegającego na powołaniu konfederacji ruchów opozycyjnych jako platformy do utworzenia nowej władzy po ewentualnym upadku reżimu Asada. Nim do tego doszło w nocy z 7 na 8 listopada 2012 wybrano nowy 41-osobowy Sekretariat NRS, w którym nie znalazła się żadna kobieta (fakt ten oprotestowano). Hegemonię w kierownictwie po wybraniu nowych struktur posiadali islamiści. Następnie Sekretariat wybrał Biuro Wykonawcze, a te nowego przewodniczącego, który zastąpił Abdela Basseta Sajdę. Okazał się nim chrześcijanin i były komunista Dżurdż Sabra, który wygrał głosowanie z 9 listopada 2012 stosunkiem głosów 28 do 13. Nowy przewodniczący na wstępie zadeklarował współpracować z innymi grupami opozycyjnymi w celu obalenia Assada.