Ustąpienie Rosjan z Podlasia zastało młodzież już zorganizowaną. Rozpoczął się werbunek do Legionów. Wkrótce jednak przyszedł rozkaz zaprzestania dalszego werbunku, natomiast powołana została do działalności w kraju Polska Organizacja Wojskowa. Stefan Zdanowski od początku został jej członkiem, najpierw szeregowcem, następnie ukończył konspiracyjną szkołę podoficerską i wreszcie oficerską.
1 września 1915 objął posadę nauczyciela we wsi Iwowe koło Stoczka Łukowskiego. Pozostał tam jednak tylko przez jeden rok szkolny. W następnym, 1916 r., został nauczycielem w jednej ze szkół ludowych w Łukowie. Do Łukowa przyjechał już jako podoficer POW i został mianowany przybocznym miejscowego komendanta. Brał czynny udział w tworzeniu i wyszkoleniu kompanii POW w Łukowie i Stoczku Łukowskim.
Jesienią 1916 r., po ogłoszeniu aktu 5 listopada, POW po części rozkonspirowało się. Podczas obchodów w Stoczku Łukowskim rocznicy wybuchu powstania listopadowego plutony z całego powiatu odbywały na rynku ćwiczenia. W Łukowie POW oficjalnie wzięło udział w uroczystościach. Działania te spowodowały zaostrzenie represji władz okupacyjnych – po kryzysie przysięgowym w lipcu 1917 r.