często wspominana konieczność oddzielnej fazy odwracania bitów powstaje jedynie dla pewnych algorytmów działających in situ jak opisane poniżej.)
Wysokowydajne implementacje FFT dokonują wielu zmian w realizacji takiego algorytmu w porównaniu z przedstawionym pseudokodem. Na przykład można użyć większego przypadku bazowego niż do amortyzowania narzutu rekursji, czynniki fazowe można obliczyć wcześniej, a większe podstawy są często stosowane ze względu na pamięć cache; te i inne optymalizacje stosowane razem mogą poprawić wydajność o rząd wielkości lub więcejS.G. Johnson, M. Frigo, Implementing FFTs in practice, in Fast Fourier Transforms (C.S. Burrus, ed.), ch. 11, Rice University, Houston TX: Connexions, September 2008.. W wielu implementacjach podręcznikowych rekurencja depth-first jest całkowicie wyeliminowana na rzecz nierekurencyjnego podejścia wszerz, choć rekursja depth-first argumentuje za lepszą alokacją pamięci. Poniżej opisano szczegółowo kilka z wymienionych koncepcji.