lotnisko powróciło do funkcji lotniska wojskowego, do momentu rozformowania stacjonującej tu jednostki wojskowej w 2002 roku. Lotnisko cywilne zostało zamknięte w 1991 r. dla ruchu rejsowego i czarterowego.
W jednostce wojskowej lotniska stacjonował od 1953 r. 26 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego, który w 1989 r. przemianowano na 9 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego. Przy jego rozformowaniu w 2001 r. w Zegrzu Pomorskim utworzono 24 Bazę Lotniczą, którą rozformowano 27 listopada 2002 r. Od 2004 lotnisko było użytkowane przez Aeroklub Koszaliński, któremu powierzono powojskowe hangary do przechowywania samolotów i szybowców, prowadzenie operacji lotniczych i szerzenie zainteresowania lotniskiem wśród społeczności i ewentualnie pilotów z zagranicy.
W grudniu 2004 r. Rada Miejska w Koszalinie wyraziła poparcie dla ponownego uruchomienia lotniska cywilnego w Zegrzu Pomorskim, jako istotnego czynnika rozwoju KoszalinaUchwała Nr XXI/330/2004 Rady Miejskiej w Koszalinie z dnia 29 grudnia 2004 r.. W 2009 roku lotnisko obsłużyło ok. 19 tys. pasażerów lotnictwa ogólnego.