Kościół Świętego Krzyża – zabytkowy rzymskokatolicki kościół parafialny znajdujący się w Krakowie, w dzielnicy I Stare Miasto przy placu św. Ducha 2, obok Teatru im. Juliusza Słowackiego, na Starym Mieście.
Historia Pierwszy kościół drewniany na tym miejscu według tradycji ufundować miał biskup Pełka w końcu XII w. W 1244 biskup Jan Prandota osadził przy nim zakon duchaków, którzy prowadzili tutaj szpital. Już wtedy istniała tu parafia. Obecny kościół, murowany, pochodzi z XIV w. Kamienne prezbiterium powstało na początku XIV w. (może już ok. roku 1300), zaś kwadratową, ceglaną nawę ukończono w drugiej połowie tego samego wieku – z pewnością nie później niż w roku 1420. Kościół otoczony był cmentarzem parafialnym oraz łączył się z nieistniejącymi już zabudowaniami klasztornymi i szpitalnymi oraz kościołem i szpitalem Ducha Świętego.
W 1528 spłonęło wnętrze kościoła, wtedy prawdopodobnie runęło również sklepienie prezbiterium, które jednak do 1533 szybko odbudowano.