W latach 1683–1684 staraniem biskupa Andrzeja Trzebickiego odnowiono kościół, po raz kolejny renowacji dokonano w latach 1896–1898 pod kierunkiem Tadeusza Stryjeńskiego i Zygmunta Hendla.
W 1903 roku w kościele tym ślub z Elżbietą Szprotówną wziął Wojciech Korfanty (fakt ten upamiętnia okolicznościowa tablica)Michał Rożek, Przewodnik po zabytkach Krakowa, 2006, s. 224..
W dniach 16–18 kwietnia 1962 roku bp Karol Wojtyła wygłosił w kościele rekolekcje dla artystów pt. Ewangelia a sztukaKarol Wojtyła, Ewangelia a sztuka. Rekolekcje dla artystów, Rzym-Kraków 2011, s. 11..
Architektura Kościół jest jedną z najczystszych stylowo gotyckich budowli w Krakowie. Ma on bardzo prostą budowę – kwadratowa ceglana nawa oraz prostokątne kamienne prezbiterium (węższe i niższe od nawy, pokryte osobnym dachem). Nad fasadą zachodnią góruje kwadratowa wieża, do której przyziemia przylegają dwie kaplice.Po lewej stronie kaplica św. Andrzeja pochodząca z XVI wieku z zachowanym na ścianie wschodniej gotyckim malowidłem Ukrzyżowania oraz późnorenesansowym ołtarzem z ruchomymi skrzydłami. Po prawej stronie znajduje się kaplica Matki Boskiej Loretańskiej z 1642.