marchia została podarowana (ściślej – oddana w zastaw z prawem wykupu, który nigdy nie nastąpił) przez Zygmunta, wówczas już króla niemieckiego i węgierskiego oraz namiestnika Królestwa Czeskiego, dynastii Hohenzollernów, którzy rządzili nią aż do końca I wojny światowej. W 1417 r. przeniesiono stolicę z Brandenburga nad Havelą do Berlina.
W XVI w. do Brandenburgii przyłączono państwo stanowe Ruppin i biskupstwo Havelbergu.
Brandenburgia była jednym z krajów niemieckich, który w XVI wieku (1539 r.) przyjął wyznanie reformowane. W następnym stuleciu nastąpił rozwój terytorialny kraju – w 1618 r. nastąpiło połączenie jej w unii personalnej z Księstwem Prus, pozostającym lennem Królestwa Polskiego do 1657, a w 1614 r. przyłączenie terenów położonych wzdłuż Renu. Powstałe w rezultacie państwo było niespójne i trudne do obrony, co dało się we znaki podczas wojny trzydziestoletniej.
Pomimo zniszczeń wojennych, dzięki utalentowanym władcom, Brandenburgia zdołała wyrosnąć na znaczącą potęgę militarną Europy. Pierwszym z tych władców był Fryderyk Wilhelm, zwany „Wielkim Elektorem”, który doprowadził do odbudowy i zjednoczenia kraju. Rozpoczął także rozbudowę Poczdamu w 1660 roku.