Włodzimierz Gutekunst był na Uniwersytecie Wrocławskim organizatorem i kierownikiem Zakładu Kryminalistyki, Zakładu Kryminologii oraz dyrektorem Instytutu Kryminologicznego (1969–1975). Pełnił obowiązki prodziekana Wydziału Prawa (1959–1962), pracował w kilku senackich komisjach.
Aktywnie działał w zespołach redakcyjnych „Problemów Kryminalistyki”, „Przeglądu Prawa i Administracji”, a także czasopisma „Patologia Społeczna – Zapobieganie”. Pełnił funkcję członka Rady Naukowej Instytutu Ekspertyz Sądowych im. J. Sehna w Krakowie i Instytutu Problematyki Przestępczości w Warszawie. Brał również czynny udział w pracach Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego, Zrzeszenia Prawników Polskich, Towarzystwa Wolnej Wszechnicy Polskiej, Towarzystwa Kryminalistycznego, Międzynarodowego Stowarzyszenia Prawa Karnego. Dowodem wysokiej pozycji naukowej profesora było zapraszanie go do wygłaszania referatów na różnych krajowych i zagranicznych kongresach poświęconych wybranym zagadnieniom z dziedziny kryminalistyki, kryminologii czy medycyny sądowej. Jako dyrektor Instytutu Kryminologicznego podjął inicjatywę organizowania sympozjów kryminologicznych. Sympozja te – przy udziale teoretyków i praktyków z kraju oraz z zagranicy – poświęcone były ważkim problemom m.in.