Wyposażenie kościoła mały|Ambona: Ferdynand I Habsburg powierza Piotrowi Kanizemu zadanie nauczania teologii w Wiedniu Trzynawowe wnętrze zostało, zgodnie z ówczesnymi upodobaniami, ozdobione wieloma obrazami, co stanowiło różnicę wobec ikonoklazmu kościołów reformowanych Amsterdamu. W ten sposób dano też artystyczny wyraz odrodzeniu katolicyzmu w Amsterdamie po 1853. Wnętrze kościoła po ukończeniu budowy zostało najpierw w latach 1886-1889 prowizorycznie ozdobione różnymi obrazami, a następnie po 1892 obecnie znajdującymi się dziełami Martina Schenka (1833-1911). Witraże, ołtarz wraz z baldachimem oraz inne elementy wnętrza pochodzą z kolońskiego warsztatu Friedricha Wilhelma Mengelberga i zostały wykonane w latach 1882–1886. Z tego samego warsztatu pochodzi belka tęczowa. Widać na niej dwunastu apostołów oraz górującą nad nimi gotycką grupę pasyjną. Lewa nawa boczna przechodzi w kaplicę maryjną, której ołtarz pochodzi również z pracowni Mengelberga (1885). Ołtarz ten przedstawia w stylu średniowiecznym sceny z życia Maryi. Ściany nawy głównej są ozdobione rzeźbami ważnych jezuickich świętych (między innymi Franciszek Ksawery, Ignacy Loyola czy Alfons Rodriguez).