Podczas okupacji Pomorza Szwedzkiego przez Francuzów wygłosił w 1809 roku uroczystą mowę z okazji urodzin Napoleona Bonaparte, która to przyczyniła się do zaliczenia go w poczet bonapartystów. Mowa ta została później publicznie spalona podczas spotkania studentów Wartburgfest.
Proboszczem w kościele parafialnym w Altenkirchen był do 1816 roku, później na stanowisku tym zastąpił go jego zięć Hermann Baier. W 1817 roku został profesorem teologii. W tym też roku wygłosił ostatnie przemówienie z okazji 300-setnej rocznicy reformacji jak również na pamiątkę Jana Bugenhagena – reformatora Pomorza. Od 1815 roku organizował wykłady na temat historii Pomorza. Dwukrotnie był rektorem uniwersytetu w GreifswaldzieWortal Historyczny - Dokument.
Zmarł 26 października 1818 roku w Greifswaldzie. Grób jego znajduje się koło kościoła w Altenkirchen.
Jego syn Johann Gottfried Ludwig Kosegarten, którego uczył w latach 1796-1798 Ernst Moritz Arndt, został orientalistą, językoznawcą i również profesorem w Greifswaldzie.