Studia teologiczne ukończył w październiku 1898 roku, zaś rok później otrzymał święcenia kapłańskie z rąk księdza kardynała Jerzego Koppa.
Praca duszpasterska Poczdam i Berlin
Po święceniach kapłańskich Kuria skierowała go na tereny Brandenburgii. Pracował tam początkowo w Poczdamie, a od 1901 w znanym Kościele Mariackim w Berlinie. Współpracując z polskimi organizacjami powstającymi w drugiej połowie XIX wieku nabierał tożsamości politycznej. Jego posługa duszpasterska na owych terenach skończyła się po 4 latach.
Gostomia W 1905 r. ks. Franciszek został przeniesiony do Gostomi leżącej niedaleko Białej Prudnickiej. Zbudowany był tam kościółek pod wezwaniem Świętych Aniołów Stróżów, który ks. Długosz wyremontował, odnowił i odrestaurował w nim rzeźby i ołtarze. Parafianami Gostomi byli głównie rolnicy, którym Franciszek służył pomocą. Działalność księdza nie sprzyjała władzom niemieckim, dlatego też chcieli go aresztować.