później wszakże przeniesiono je do Opactwa Westminsterskiego na polecenie jej syna, króla Jakuba I.
thumb|left|250px|Widok z perspektywy zachodniej. Rycina z XVII wieku
W 1643 roku katedra została zdewastowana podczas angielskiej wojny domowej przez oddziały parlamentarzystów. Zniszczone zostały prawie wszystkie witraże, średniowieczne stalle, główny ołtarz i jego tło, jak również krużganek i kaplica mariacka. Uszkodzono lub zniszczono także wszystkie pomniki i nagrobki, w tym i należące do Katarzyny aragońskiej oraz Marii, królowej Szkotów.
Przez pewien czas nie czyniono żadnych starań by naprawić zdewastowany budynek. Oliver St. John, ówczesny prezes sądu spraw pospolitych, skoligacony z rodziną CromwellówJego pierwsza żona była praprawnuczką Henry’ego Cromwella z Hinchinbrooke zaś druga córką Henry’ego Cromwella z Upwood., uzyskał prawa do katedry i przekazał ją miastu jako kościół parafialny; pierwotny kościół parafialny popadł w ruinę.