Najsłynniejszymi jednak relikwiami były rzekoma ręka Oswalda z Nortumbrii, która zaginęła najprawdopodobniej podczas reformacji oraz szkatuła ze szczątkami Tomasza Becketa, przywiezionymi w 1170 roku przez opata Benedykta, świadka jego morderstwa i następcę.
Relikwie przydawały świątyni szczególnej wagi oraz przysparzały bogactwa – tuż przed reformacją był to szósty pod względem bogactwa monastyr w Anglii, zamieszkały przez 120 mnichów.
Od reformacji do XIX wieku thumb|250px|Mapa Peterborough, autorstwa Johna Speeda. Około 1610 r. Po tym jak Henryk VIII rozwiązał zakony w 1541 roku relikwie zaginęły, lecz kościół przetrwał stając się katedrą nowej diecezji anglikańskiej; ówczesny opat, John Chambers, przychylny królewskim reformom został mianowanym biskupem i trwał na tym stanowisku przez następne 15 lat do 1556 roku. Wpływ na ustanowienie biskupstwa mógł mieć fakt, iż w 1536 roku pochowano tam Katarzynę aragońską, byłą żonę Henryka. Jej grób istnieje do dzisiaj i cieszy się popularnością odwiedzających.
W 1587 roku w katedrze pochowane zostało ciało ściętej na zamku Fotheringhay Marii I Stuart;