W 2016 roku Urząd Miejski Wrocławia nie przedłużył Monkiewicz kontraktu, co wywołało kontrowersje w środowisku artystycznym miasta i zawiązanie petycji w jej obronie, a także pytania o polityczne przyczyny owej decyzji. Chociaż założycielka Muzeum wystartowała w konkursie na nowego dyrektora, ostatecznie został nim dr Andrzej Jarosz, wykładowca w Instytucie Historii Sztuki Uniwersytetu Wrocławskiego. Po jego nagłej śmierci w grudniu 2019 roku, funkcję dyrektora Muzeum przejął historyk sztuki Piotr Lisowski. 16 stycznia 2021 roku stanowisko dyrektorki objęła dr Sylwia Świsłocka-Karwot.
Misja i założenia programowe mały|Logo MWW Misją MWW jest rozwijanie relacji społecznych wobec sztuki współczesnej, budowanych dzięki działalności wystawienniczej, edukacyjnej, powiększaniu kolekcji oraz stwarzaniu przyjaznych warunków uczestnictwa w sztuce. Atrakcyjne i współczesne sposoby prezentacji są skierowane do zróżnicowanych wiekowo i społecznie grup. Równorzędnym do przestrzeni wystawienniczej, jest przestrzeń komunikacyjna, pozwalająca na kontakt i integrację społeczności. Praca nad współczesnością jest wyróżnikiem tej koncepcji.