W marcu 1942, po jej scaleniu z AK był komendantem 5 Rejonu Praga Centralna i zastępcą komendanta Obwodu Praga Okręg Warszawa AKPełnił tę funkcję również w trakcie Powstania warszawskiego. Po upadku powstania kierował dalszą pracą konspiracyjną 5 Rejonu. Kiedy oddziały Armii Czerwonej i LWP zajęły Pragę, komendant Obwodu Praga AK podpułkownik Antoni Żurowski „Andrzej” wydał 18 września odezwę wzywającą do wstępowania do LWP. Bobrowski w dniu następnymW myśl planu ppłk. Antoniego Żurowskiego miał zostać dowódcą 36 pułku piechoty utworzonego z żołnierzy AK wydał rozkaz nr 38, w którym nakazywał podległym sobie oddziałom i ochotnikom zbiórkę przed wcieleniem do LWP. Ogłoszona 23 września 1944 odezwa ppłk. Antoniego Żurowskiego w centralnym organie PKWN „Rzeczypospolitej” (nr 51), została w nim opatrzona komentarzem pod wymownym tytułem „Obwód AK Praga w całości w Wojsku Polskim”. Władze nie zaaprobowały planu utworzenia 36 pp złożonego z żołnierzy AK i w rezultacie 26 września ppłk Antoni Żurowski wycofał swój podpis spod odezwy. Zygmunt Bobrowski podtrzymał swoje zgłoszenie i został w październiku 1944 mianowany zastępcą dowódcy do spraw liniowych 1 pułku piechoty 1 DP im. Tadeusza Kościuszki.