Zastosowania thumb|90 g ziaren kefirowych na talerzyku – po wyjęciu z dojrzałego kefiru i odcedzeniu Unikalny różnorodny skład mikrobiologiczny ziaren kefiru umożliwia ich zastosowanie nie tylko w wielkoskalowej produkcji kefiru, ale potencjalnie również w innych nowych bioprocesach przemysłowej produkcji żywności, a nawet w niektórych innowacyjnych i wizjonerskich bioprocesach ekologicznych. Mogą być stosowane m.in. w produkcji chleba jako substytut drożdży piekarskich, w produkcji polisacharydów jako naturalne źródło egzopolisacharydów, w produkcji bioalkoholi jako źródło unieruchomionych komórek drożdży kefirowych, a także jako naturalna kultura starterowa w produkcji sojowego mleka w proszku.
Optymalną wydajność ziaren kefirowych tradycyjnie stosowanych do wyrobu kefiru uzyskuje się przenosząc je codziennie do świeżego mleka i pozwalając im rosnąć przez około 20 godzin. W tym czasie ziarna mogą zwiększyć swoją masę o 25%. Ziarna muszą być replikowane w ten sposób, aby zachowały swoją wydajność, ponieważ stare i wysuszone ziarna kefirowe mają niewielką zdolność do replikacji lub ją tracą całkowicie. Zaleca się, by do produkcji kefiru stosować ziarna codziennie przenoszone do świeżego mleka i wymieniać ziarna, u których zmniejszyła się zdolność fermentacji mleka.