Przemywanie grzybków kefirowych wodą zmniejsza ich żywotność.
Garrote i inni (1997) wykazali, że przechowywanie ziaren kefiru w temperaturze -80 lub -20 °C przez 120 dni nie zmienia ich zdolności do fermentacji w porównaniu do ziaren, które nie zostały zamrożone. Jednak ziarna przechowywane w -4 °C po rozmrożeniu nie wytworzyły kefiru o akceptowalnych cechach.
Ziarna kefirowe mają złożoną mikroflorę i wykazują zdolność do dynamicznego wzrostu, co nie sprzyja komercyjnej produkcji nastawionej na produkt o stabilnym składzie. Z tego powodu w przemyśle spożywczym podjęto próby produkcji kefiru z mieszaniny czystych kultur. Efektem są odmiany przefermentowanego mleka o cechach zbliżonych do tradycyjnego kefiru.
Skład mikrobiologiczny Mikroorganizmy występujące w ziarnach kefirowych: Gram-dodatnie, homo- i heterofermentatywne bakterie kwasu mlekowego i octowego: Lactobacillus caucasicus, Lactobacillus brevis, Lactobacillus bulgaricum, Lactobacillus casei, Lactobacilus kefir, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus kefiranofaciens, Lactobacilus kefigranu, Lactobacillus helveticus ssp. jogurti, Lactubacillus lactis ssp. lactis, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus cellobiosuss, Lactococci lactis ssp. lactis 1, Lactococci lactis ssp. lactis 2, Lactococcus lactis ssp. lactis var.