W 1515 roku Oekolampad udał się do Bazylei gdzie współpracował z Erazmem z Rotterdamu przy wydaniu Nowego Testamentu, a na Uniwersytecie obronił pracę doktorską z teologii i opublikował gramatykę grecką, jak również tłumaczenie pism patrystycznych.
W 1518 roku został powołany przez Capito do katedry w Bazylei, a wkrótce po tym do katedry w Augsburgu, gdzie krótko przed tym miała miejsce obrona „niesfornego” Marcina Lutra podczas przesłuchania przez legata papieskiego kardynała Tomasza Kajetana. Dotąd Oekolampad postępował zgodnie z tradycją Erazma, studiował pisma Lutra, konsultował się z Janem Eck i w 1520 roku zamieszkał w klasztorze Altomünster. Tam przetłumaczył kolejne pisma Ojców Kościoła i doszedł tak daleko, że zgodził się z doktryną usprawiedliwienia przez samą wiarę, a swoje stanowisko opublikował w dwóch pismach. Po tym musiał opuścić klasztor i został księdzem na zamku Ebernburg u Franza von Sickingen.
W 1522 roku osiadł ostatecznie w Bazylei, gdzie przetłumaczył kolejne pisma patrystyczne. Od 1523 roku prowadził publiczne wykłady o biblijnych prorokach, wkrótce po tym z woli książęcego biskupa został mianowany na profesora, a w 1525 roku został duchownym w Martinskirche.