Kontynuował twarde dyskusje z Erazmem, Huldrychem Zwinglim, Marcinem Bucerem i Marcinem Lutrem. Co do Komunii Świętej zgadzał się z poglądem Huldrycha Zwingliego. W 1526 roku był liderem reformowanych podczas dysputy w Baden i prowadził rozmowy z Johannesem Eckiem. Jednak stara wiara zachowała nadal przewagę.
Oekolampad cieszył się dużym poważaniem, jednakże nigdy nie miał tak dużego wpływu jak Zwingli w Zurychu, choć był naczelnym kaznodzieją w Bazylei. W wyniku nacisku społeczeństwa w roku 1525 doszło do sekularyzacji kilku klasztorów, w 1528 roku reformowani uzyskali wolność wyznaniową, a w 1529 roku doszło do zniesienia katolickich nabożeństw. W tym samym roku Oekelampad poślubił Wibrandis Rosenblatt, która urodziła mu troje dzieci, i która po jego śmierci wyszła za mąż najpierw za Wolfganga Capito, a później za Marcina Bucera.
W 1528 roku Oekolampad zorganizował z Zwinglim dysputę w Bernie. Od 1529 roku był biskupem Kościoła reformowanego w Bazylei, ale zachował także stanowisko profesora. Wziął też udział, stojąc po stronie Zwingliego w dyspucie teologicznej w Marburgu, w której Zwingli odrzucił porozumienie, a które zaakceptował Marcin Bucer. Na pięciu synodach (1529-1531) troszczył się o naukę kościelną (katechizm) i kościelny rygor, a nadzór nad tym chciał przekazać radzie niezależnych prezbiterów.